甲方侵害了乙方什么权利？乙方如何保障自己的权益？

要看双方协议约定处理
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以土地使用权出资的条件，并没有明确的法律规定。但是一般在实践中应当符合以下条件：
1、订立书面的出资合同；
2、附着于该土地上的建筑物、构筑物及其附属设施一并出资。
根据《公司法》第二十七条第一款的规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。
根据2021年生效的《民法典》第三百五十四条的规定，建设用地使用权转让、互换、出资、赠与或者抵押的，当事人应当采用书面形式订立相应的合同。使用期限由当事人约定，但是不得超过建设用地使用权的剩余期限。法律依据：《公司法》第二十七条第一款
股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。
《民法典》第三百五十四条
建设用地使用权转让、互换、出资、赠与或者抵押的，当事人应当采用书面形式订立相应的合同。
使用期限由当事人约定，但是不得超过建设用地使用权的剩余期限。